城市房屋拆迁和农村房屋拆迁之间有很大差别，其根源就在于，二者所针对的土地所有权性质不同。城市房屋拆迁所针对的是城市规划区内国有土地上的房屋，房屋所有者对土地享有使用权，因此，在拆迁前应该依法收回土地使用权。土地使用权的取得必须通过出让、划拔、转让、租赁等方式才能进行。而农村房屋拆迁，又叫征地拆迁，其针对的主要是集体所有的土地，在拆迁前，需要依法办理集体土地的征地手续，将集体所有的土地变更为国有土地，再办理出让手续以取得土地的使用权。集体土地的征收需要办理申请、拟订方案、征地审查、补偿安置、取得土地等过程。
其次，二者适用的法律不同。在整个拆迁过程中，城市房屋主要适用法律和《城市房屋拆迁管理条例》；而农村房屋拆迁适用《土地管理法》。但是，现在对于农村房屋拆迁还没有完善的法律法规进行规制，不利于保护农民的利益。
最后，二者对于被拆迁人的利益的保护不同，尤其是补偿范围不同。对于前者，根据相关法规规定，补偿依据是区位、用途和建筑面积，补偿数额较为合理，而对于后者权利人的补偿却非常低。另外拆迁程序也存在不同之处，主要原因就在于，二者适用的法律依据不同。
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